1) Ja je mag wel kleine gaatjes voor elektra boren door de balken heen. Het liefst in het midden van de balk qua hoogte, en dan bij de uiteinden waar de oplegging is, dan hebben ze het minste effect op de sterkte van de balk. Maar bij een vliering zou ik me daar helemaal niet druk om maken.
2) De dekvloer van 40mm mag je sowieso in doen wat je wil, maar in zou niet in de betonvloer gaan frezen of slijpen, dan verzwak je de constructie. Of dit gevolgen heeft durf ik niet te zeggen. Ik zou een alternatief proberen te bedenken, maar daar kan ik je in elk geval onvoldoende over adviseren.